陈鹤亭年少即聪慧过人，清光绪十七年(1891)、15岁中举，光绪二十九年(1903)赴京参加清朝最后一次科举考试，云南7个应试举人中有3个中进士即袁嘉谷、陈鹤亭、胡商弈。因同籍石屏，史称"石屏末科三进士"。被派往日本考察政治回国后，陈鹤亭曾任湖北天门县令、黄陂县令、宣都知县等职，颇得民心。后曾任黎元洪总统秘书。
陈鹤亭一生劝学兴学，心系教育。光绪三十二年(1906)，当时云南区乡一级正规学校一片空白。他将百年的神祠资产移拨兴学，并创建郑营两等小学。村中子弟悉数劝导入学，成为石屏全县楷模。他又亲赴各乡，反复宣传兴学办学，石屏全境成立学校者众多。滇督蔡锷闻其名，征为省参事，旋升内务司长。1922年，他又首倡兴建石屏中学，培养造就了如李乔、杨春洲等有名人士。
1913年，陈鹤亭任省府内务司长后，廉政勤政、禁娼查腐，为云南社会稳定作出过不可磨灭的贡献。当年，个旧县长为筹集警察经费，向内务司呈请准予开放公娼，抽取捐税。陈鹤亭认为开办公娼有伤风化，违反人伦，何况个旧乃大矿区，设娼不利民生民权，因此严辞驳回。
1912年，以陈鹤亭为首的滇南48位名士上书省督议请修建个碧石铁路，蔡锷准予照办。旋因蔡被袁世凯软禁，未能开工。1914年，滇督唐继尧任命陈鹤亭为个碧石铁路总理，陈将公司改为民营商办，成为全国民营铁路之首创，并果断决定实施轨距为600毫米的寸轨，既扼制了外国势力又节约了民脂民膏。1936年个碧石铁路全线通车，成为中国当时第一条主权最为完整的民营铁路，在国内外引起巨大反响。
1915年护国战争中云南组建了三个护国军，军费猛增。滇督唐继尧调任陈鹤亭为省财政司长兼盐运司长筹措军饷。他上任即厉行清理税厘盐课、点滴归公，呕心沥血扩展财源，终于筹齐军饷，保证了护国军所需。
1922年，陈鹤亭被任命为个旧锡业公司总理，不到三年，不仅还清所有债务，还盈余200余万元，使负债累累、濒于破产的中国最大的锡业公司奇迹般起死回生，开创了中国民族锡工业融资经营开发的新局面。
其后，于1925年陈鹤亭被调任蒙自道尹，解除了当时匪患。1928年龙云上台后，陈鹤亭辞去蒙自道尹，被举为省政府委员。1929年任满，聘任省府高等顾问官。1931年7月，病逝昆明，享年58岁。
陈鹤亭生平廉洁自持，居要职30年，除薪俸外一无所取;公益事业，无不乐于提倡，倾囊资助修将有个旧石屏会馆,省城石屏会馆等。
